La carrera de De La Fuente como entrenador arrancó con tres temporadas al frente del Portugalete. Su siguiente parada era el Aurrera de Vitoria, que dejaría en 2001 para hacerse cargo del juvenil del Sevilla durante cuatro años.
2005-06 significaría su regreso a Lezama, para entrenar al primer conjunto juvenil rojiblanco. La siguiente temporada daba el salto al Bilbao Athletic, ya en Segunda B. Dejaría el filial durante un bienio para ser delegado del primer equipo y ya en 2009 volvió a dirigir a los cachorros dos campañas más.
Su gran salto fue en la temporada 2011-12, cuando se le dio la oportunidad de dirigir al Deportivo Alavés. Una aventura que se saldaría con su destitución. No tardaría mucho en encontrar nueva ocupación, ya que en 2013 engrosaría las filas de la RFEF en sus categorías inferiores y a partir de ahí su llegada a la absoluta.